《神奇动物在哪里》的故事背景设定在20世纪20年代的纽约。魔法动物学家纽特·斯卡曼德带着装满神奇动物的箱子来到纽约。在箱子意外打开后，一些神奇动物逃脱到纽约街头，引发了一系列混乱。纽特结识了麻瓜雅各布，以及傲罗蒂娜和她的妹妹奎妮。他们一起寻找逃脱的动物，并对抗邪恶的黑巫师格林德沃妄图挑起巫师与麻瓜之间战争的阴谋。在寻找神奇动物的过程中，纽特等人遭遇各种危险，也逐渐揭开了格林德沃在纽约的邪恶计划。他们需要在保护神奇动物的同时，阻止格林德沃的阴谋。最终，纽特和伙伴们成功将大部分神奇动物找回，挫败了格林德沃在纽约的阴谋，暂时避免了巫师与麻瓜之间的冲突。不过，格林德沃逃脱，并继续在其他地方策划更大的阴谋，为后续故事埋下伏笔。
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