《你的名字》的故事发生在不同的时空里。在糸守镇，女高中生宫水三叶对枯燥的乡下生活感到厌倦，渴望去东京生活。而在东京，男高中生立花泷过着忙碌的都市生活。一天，不可思议的事情发生了，三叶和泷突然灵魂互换，三叶进入泷的身体体验东京生活，泷则在糸守镇以三叶的身份开始了乡下生活。起初，两人都对这奇异的状况感到困惑，但逐渐适应并利用这种互换互相恶作剧、解决各自的难题。然而，彗星撞击地球的危机降临到糸守镇，这场灾难改变了一切。当危机过去，泷和三叶却忘记了彼此的名字和那段灵魂互换的经历。之后，泷凭借着模糊的记忆和莫名的冲动，开始寻找糸守镇和那个与他有着奇妙联系的人。在寻找的过程中，诸多线索逐渐浮现，最终两人在东京的街头相遇，尽管一开始都想不起对方，但在对视的瞬间，曾经的记忆如潮水般涌来，他们喊出了彼此的名字，仿佛跨越时空的羁绊让他们重新紧紧相连。
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