La Fontana dell’Organo è costituita da un imponente prospetto architettonico composto da una grande nicchia centrale, ora occupata da un’edicola a tempietto, fiancheggiata da quattro telamoni a braccia incrociate e coronata da cariatidi. Nella parte superiore c’è un frontone spezzato a volute con al centro l’aquila estense. Nelle nicchie laterali sono collocate due statue di Apollo e Orfeo, nelle lastre superiori scolpite a rilievo sono raffigurate scene mitologiche. Fu iniziata nel 1568 dallo scultore Luca Clerico e dal fontaniere Claude Venard.

I quattro telamoni posti nell’ordine inferiore sono opera di Pirrin del Gagliardo. Originariamente nella nicchia centrale della Fontana dell’Organo era collocata la statua monumentale di Diana d’Efeso, poi sistemata lungo il muro di cinta del giardino a costituire la Fontana della Natura. Nelle due nicchie laterali dovevano trovar posto le statue di Apollo e Diana, probabilmente mai eseguite. La fontana venne infatti ultimata solo verso il 1611 per volonta di Alessandro d’Este ed in tale occasione la statua di Diana fu tolta e al suo posto fu collocato il tempietto, opera di Gian Lorenzo Bernini, che aveva lo scopo di proteggere l’organo; furono inoltre inserite nelle nicchie laterali le statue di Apollo e Orfeo. L’organo, attribuito al francese Claude Venard, si basa su antichi modelli di organi idraulici conosciuti attraverso fonti come Vitruvio ed Erone d’Alessandria. Il suo funzionamento si basava sulla forza dell’acqua che metteva in moto un grande cilindro dentato; questo, battendo sulla tastiera di un organo, generava un suono armonico che iniziava con squilli di tromba.