La Fontana della Natura, realizzata in stucco, con fondale riproducente un antro naturale, presenta al centro l’inserimento della statua di Diana d’Efeso, la dea dai numerosi seni simbolo di abbondanza e fecondità. Essa fu costruita lungo il muro di cinta della villa nel secolo scorso, trasportandovi la monumentale statua di Diana d’Efeso, opera dello scultore fiammingo Gillis Van Den Vliete, in origine collocata nella fontana dell’Organo all’interno della nicchia centrale e copiata da un esemplare antico della collezione Farnese conservata ora al Museo dei Conservatori a Roma.

Fu il cardinale Alessandro d’Este, nel 1611, a far rimuovere la statua della fontana dell’Organo, probabilmente per ragioni di decoro volute dalla Controriforma.